Benthuizen Ollefen en Bakker nemen in hun stad- en dorpsbeschrijving van 1799 aan dat Benthuizen tegelijk met de omringende gemeenten is ontstaan in de Romeinse tijd. Hoewel een beperkte, vroege bewoning zeker niet kan worden uitgesloten, is het toch waarschijnlijker dat Benthuizen en de gemeenten Hoogeveen en Benthorn zijn ontstaan in de tiende en elfde eeuw. De geschreven geschiedenis van Benthuizen begint in 1281.
In dat jaar kreeg Dirk van Teylingen van Floris V, graaf van Holland, een gebied in leen rond Waddinxveen. Als grens van dat gebied worden in de leenakte een aantal ambachten, waaronder ‘Benthusen’ genoemd. West Nederland bestond toen voor een groot deel uit veengronden die zo hoog lagen dat het water langs natuurlijke weg kon afvloeien via kleine watertjes naar de grote rivieren. Het was een woest en moerassig gebied begroeid met struiken en boompjes en een soort ruig gras dat bentgras werd genoemd. De naam Benthuizen kan daarvan afgeleid zijn. Het toponiem 'Benthuizen' is een samenstelling van de uitgang '-huizen', dat een gangbare aanduiding voor een woongebied was vanaf de Karolingische periode, en 'bent' dat (onder andere en in dit geval waarschijnlijk) een andere benaming is voor struisgras. Onder druk van de bevolkingsgroei kreeg Dirk van Teylingen opdracht van graaf Foris V de uitgestrekte veenwildernissen in dit gebied te ontginnen, dat hield in het verlagen van de waterstand, het kappen van de bossen, het aanleggen van wegen en het graven van vaarten.
Die ontgonnen gebieden werden vervolgens gebruikt voor akkerbouw, het houden van vee en het steken van turf. Het afsteken van turf uit de veengronden in de omliggende gebieden vormde eeuwenlang een belangrijke bron van inkomsten voor de inwoners van het dorp, zoals ook terugkomt in het wapen van de gemeente (de langwerpige blokjes zijn turfbriketten). Aanvankelijk werd het veen afgestoken tot het peil van het grondwater, maar de vraag naar brandstof in de steden was zo groot dat men in de 16e eeuw over ging op slagturven. Men baggerde met speciale beugels tot de zeeklei werd bereikt wat tot gevolg had dat er uitgestrekte watervlakten ontstonden. De bevolking van Benthuizen nam hierdoor af. In 1632 telde Benthuizen honderd huizen, terwijl honderd jaar later in 1732 er nog slechts 37 huizen stonden. Dit was een gevolg van de uitveenderij. De gehuchten Benthorn en Hogeveen raakten door deze ontwikkeling zelfs ontvolkt en zouden later bij de gemeente Benthuizen worden gevoegd. Het ambacht van Benthuizen kwam in 1330 in het bezit van Jan van Beaumont en via erfrecht verviel het steeds in handen van andere ambachtsheren. Achtereenvolgens in 1408 Jan van Heemsteden en Willem van Egmond, in 1495 Cornelis Croesinck, in 1595 Jacob (Oem) van Wijngaarden en diverse zoons en een neef, in 1690 Catharina van Zuijtland van Moermont. (enkele straatnamen in het huidige dorp zijn naar die ambachtsheren en vrouwen genoemd). De stad Rotterdam werd in 1692 eigenaar, die het ambacht kocht om een vaarverbinding naar de Oude Rijn te maken. Rotterdam bleef 160 jaar ambachtsheer van Benthuizen. In 1759 wordt met medewerking van de respectievelijke ambachtsheren, de stad Rotterdam voor Benthuizen, Jacob Arent van Wassenaar voor Hoogeveen en Adam Arent van den Duijn voor Benthorn, het ondergelopen gebied drooggemalen.
De vrijgekomen grond bleek zeer geschikt voor akkerbouw en veeteelt en uiteraard ook een enkele ambachtsman en winkelier. Boerderijen werden gebouwd en de inwoners van Benthuizen kregen meer welvaart. De aanpalende gemeenten Hoogeveen en Benthorn ondergingen hetzelfde lot van ontginning, vervening, ontvolking en wederopbouw door de drooglegging. Ook daar werden boerderijen gebouwd. Na het inpolderen van de grote watermassa's nam de bevolking weer toe en kreeg het dorp een sterk agrarisch karakter. Van oudsher waren deze drie gemeenten al samengevoegd tot één kerkelijke gemeente Benthuizen. Onder het Keizerrijk Frankrijk werden Benthuizen, Hoogeveen, Benthorn en Hazerswoude samengevoegd tot één municipaliteit, Aan het begin van de Franse bezetting in 1795, telde Benthuizen slechts 213 inwoners. Op 10 februari 1796 werd Benthuizen aangegeven als groot zijnde 806 Morgen en 279 1/2 Roeden, dus ongeveer 650 hectares. In het begin van de negentiende eeuw was Benthuizen echter niet groter dan 695 Morgen (ongeveer 560 ha.). Dit als gevolg van uitveenderij.
In 1817 werd de oude situatie van zelfstandige gemeenten weer hersteld. In 1853 werd het restant van de rechten door Rotterdam overgedragen aan Otto Boudewijn’t Hoof te Dordrecht. Door vererving kwamen vele landerijen en 7 boerderijen in het bezit van de familie Beelaërts van Emmichhoven. In de loop van de negentiende eeuw echter, werden Hoogeveen en Benthorn toegevoegd aan Benthuizen en ontstond de nieuwe gemeente Benthuizen. In 1899 telde het dorp 645, voornamelijk hervormde inwoners. Benthuizen is lang een sterk agrarische gemeente gebleven, met in het dorp veel ambachtelijke bedrijven. Na de Tweede Wereldoorlog veranderde de bedrijfsvoering in de landbouw in een snel tempo, er kwam minder veehouderij en meer landbouw. Die landbouw mechaniseerde sneller dan welke andere bedrijfstak ook en gaf aan steeds minder mensen werk. De landarbeiders vonden emplooi in de fabriek en in de bouw. Bovendien werd het dorp uitgebreid met nieuwe woningen, waarin veel gezinnen ‘van buiten’ zich vestigden, die andere beroepen uitoefenden in de naburige steden. Ook Benthuizenaren zochten hun werk elders. Tot 1991 was Benthuizen een zelfstandige gemeente. In 1991 ging Benthuizen tot de nieuwe gemeente Rijneveld behoren, die in 1993 Rijnwoude ging heten. In 2011 werd beslist dat de gemeente Rijnwoude zou fuseren met Boskoop en Alphen aan den Rijn. Gezien de ligging van Benthuizen vlak bij Zoetermeer besloot men een referendum te organiseren met de vraag of Benthuizen onderdeel van deze nieuwe gemeente moest worden of bij Zoetermeer moest gevoegd worden. Uiteindelijk kozen 1417 stemmers of 70,29 % voor de nieuwe ABR-gemeente (die later Alphen aan den Rijn zou heten) en 599 mensen of 29,71 % voor Zoetermeer. Aldus is sinds 1 januari 2014 Benthuizen deel van de fusiegemeente Alphen aan den Rijn. In 2005 werd ten oosten van Benthuizen gestart met de aanleg van de HSL-Zuid (de tunnel van de HSL-Zuid onder het Groene Hart begint bij Benthuizen) en ten zuiden/zuidoosten van het dorp is het Bentwoud aangelegd.

Bronnen:
‘Benthuizen 1281-1940’ door dr. C.M. Schulten, uitgave Historische Kring Benthuizen.
‘Kadastrale Atlas Zuid- Holland 1832 Benthuizen, Benthorn en Hoogeveen’ door B. van der Graaf en A. Schellingerhout, uitgave Stichting Kadastrale Atlas Zuid- Holland, Stichting Rijnlandse Historiën en Historische Kring Benthuizen.
Kernachtig Rijnstreek, schetsen uit de geschiedenis van de Rijnstreek (artikel Benthuizen, door A. Schellingerhout) uitgave Provinciaal Erfgoedhuis- ZH Historisch Centrum.
En andere uitgaven van plaatselijke organisaties.